Han kom till Stockholm och fick där en oavlönad hovrådstjänst, blev askultant i kommerskollegium och sekreterare hos dess president Daniel von Höpken vilken år 1720 hade utverkat frihet för sig och sina intressenter att driva orienthandel.

Magnus blev också korrekturläsare vid Wildeska tryckeriet i Stockholm 1725 och skrev artiklar och gjorde översättningar. Bl.a. översatte han Bunyans "Kristens resa" liksom en del av Holbergs kommedier.

Till följd av sina omfattande språkkunskaper (utom latin skrev han med engelska, franska, holländska o tyska och var inte obevandrad i polska, spanska o italienska) och med sina erfarenheter av orienthandel blev han 1731 sekreterare vid det nybildade Ostindiska kompaniet (SOI) i Göteborg.

Den litteräre språkbegåvade sekreteraren blev till stor hjälp för kompaniet och han deltog i den skriftliga fejd, som rasade för och emot kompaniets handel under den första tiden. Magnus förstod samtidigt att genom ekonomiska insatser i den ostasiatiska handeln själv skaffa sig en ansenlig förmögenhet. Redan 1733 placerade han 10 000 d smt i Kompaniet.

Hans verksamhet var nu förlagd till Göteborg och här träffade han Clara Olbers som blev hans hustru 1733. Giftet skedde i oktober och redan i november lät Claras far på auktion ropa in hus och gård med nagelfast inrede efter Johan de Köppen. Fastigheten som benämns 5.66-67 låg i kvarteret Kronobageriet och bestod av fem hela tomter, varav två tomter med dess sten- och trähus var belägna vid Stora Hamnegatan och de andra tre med dess sten- och trähus vätte mot Köpmansgatan. Här fick det nygifta paret bo och allt övergick senare i deras ägo.
1741 hade Lagerström skrivaren Mårten Enequist och i huset två pigor Elin och Catharina (1740 Anna). Fastigheten benämdes 1734 herr assessor Olbers andra gård men efter svärfaderns död tillhör den hofrådet herr Magnus Lagerström, 1755–60 kommerserådet herr Magnus Lagerström och efter Magnus död 1761–78 fru kommerserådinnan Clara Lagerström.

Magnus engagerade sig i Göteborgs industriella verksamhet och arbetade för tillverkning av tobak. För det lierade han sig med hustrun Claras bror Anders och de beviljades den 17 maj 1733 privilegium på tobaksspinneri i Göteborg.

Gösta Bodman berättar i sin bok Göteborgs Äldre Industri att Magnus och E. Schiller 1736 sökte arrendera stadsjord i Göteborg för tobaksodling, vilket dock avslogs p.g.a. borgerskapets motstånd. Staden hade redan egna plantage och man ansåg att marken bättre behövdes för stadens hästar.
Utöver detta vet man tämligen föga om ifrågavarande tobaksfabrikation, skriver Bodman. De enda siffror jag funnit, och vilka tyda på att spinneriet var att jämföra med Anders Damms i storlek, skriver han, äro ett par, gällande använda mängden tobaksblad. Under 1740 hade Lagerström bearbetat 4.088 svenska tobaksblad (Damm 4.000) och för år 1746 är den Lagerström tillåtna importen av utländska tobaksblad fixerad till 37.105 (?) (Damm 49.474.).

Tobaksmästaren i den Schillerska manufakturen Olaus Skånberg övertog den 15 augusti 1748 rörelsen jämte tobakslagret, som bland annat bestod av 41 000 skålpund virginska, 9 418 skålpund holländska och 14 244 skålpund svenska blad.
År 1757 drevs företaget med ett spinnbord, en karvstol och en press. På grund av den stora konkurrensen hade tillverkningen nedgått betydligt, varför Skånberg av kommeskollegium erhöll varning för att den stipulerade tobakskvantiteten icke upparbetats.

Gösta Bodman skriver i en annan bok: "Fabriker och Industrier i det gamla Göteborg" att Magnus startade en lackfabrik (efter erhåller privilegium 19/11 1741). Han "tröttnade" snart på detta och verksamheten övertogs av svågern David Olbers.

1740 dog Magnus svärfar och Magnus och en av svågrarna Schütz hade (motvilligt) åtagit sig förmyndarskapet för Johan Andris yngsta barn som fortfarande var omyndiga.
Olga Dahl skriver i anslutning till det, betr. tomt 2.25 1 i kvarteret Varuhuset i Göteborg som ägts av Samuel Schutz till dennes död också 1740, att den efterföljande ägaren lät pantsätta huset till hovrådet Magnus Lagerström för lån av 1 500 d smt på två års tid Pengarna utgjorde assessor Olbers omyndiga barns arvsmedel.

I Biographisk Lexicon öfver namnkunnige Svenska Män 1841 står att Magnus ville sluta på SOI för att ägna sig åt lantliv och annan verksamhet men att han övertalades att stanna och fick då en direktörsplats 1746. Från 1747 kunde han också titulera sig kommerseråd.

Magnus hade vetenskapliga intressen och han utverkade att många av Linnés lärljungar fick följa med på de långväga ostindieresorna för att kartlägga växter på en annan sida av världen. Som tack, är örtsläktet Lagerstroemia uppkallat efter honom. Han blev också 1748 ledamot av Uppsala Vetenskaps-societet och Kung. Vetenskapsakademien.

Magnus bebodde och innehade flera egendomar i Göteborgstrakten.
Genom sin hustru blev han ägare till Livered som Claras far blivit förpantad efter ett förfallet lån till dottern Elisabeths svärfar Hård af Segerstad. Det godset är numera införlivat i slottet Kobergs ägor.

Vidare köpte Magnus gården Berg på Hisingen 1738 och gav den tillnamnet Claraberg efter sin hustru. Hans svärfar hade redan 1720 köpt gården men sålt den igen 1729. Nu återköptes den alltså och här uppfördes ett vackert boningshus och här anlades tobaksplantage på ägorna. Efter Magnus död bodde änkan Clara kvar och först 1780 gick den ur släkten.

I maj 1750 förvärvade han säteriet Marieberg utanför Kungälv med tillhörande gårdar inkluderande frälsehemmanet Stora Viken på Västgötasidan av älven. Säteriet såldes senare till hustruns svåger Jacob Schütz.

1751/52 förvärvade han landeriet Gubbero i Gårda där han bl.a byggde ett corps de logie och lät anlägga en stor park. Här fanns också en tobaksfabrik och härute samlades de mäktigaste männen i den tidens Göteborg till fester och överläggningar. Gubbero var i Lagerströms ägo ända tills hans död 1759 då den köptes av garvarfamiljen Bauer.

Under åren som gick hade denna gård flera olika ägare. 1858 ägdes den av en patron vid namn Johan Olof Sandbäck, Han råkade omsider i ekonomiska svårigheter och under sina sista år som ägare sålde han ut åtskilliga värdefulla inventarier. Lyckligtvis kunde Göteborgs Historiska Museet år 1916 lösa in en större del av interiören från 1700-talets tidigare hälft, såsom alkov, kakelugnar, tapeter, paneler och dörrpartier mm. Museet återskapade en matsalsinteriör samt en sängkammarinredning.

Sannolikt var ett av de viktigaste skälen för alla gårdsköpen att där odla tobak för sitt tobaksspinneri. Det var lag på att en viss andel av all tobak skulle vara svenskodlad. Magnus anges även kortare tides varit ägare till säteriet Holm och också ha brukat Lilla Oxhagen. Vid sina ägendomar kunde Magnus också utveckla sitt allmänt stora intresse för jordbruk.

En utförlig artikel om Magnus finns f.ö. i Sv. biografiskt lexikon sid 175 ff.